В последующие годы динамовцы еще дважды выходили в финал, но там терпели поражения (в 1997 году от «Локомотива» и в 1999-м — от «Зенита»). Не блистали они и в чемпионате, с каждым сезоном все больше превращаясь в команду-середнячка. А в ев-рокубках, изредка туда попадая, выглядели откровенно неубедительно, как правило, выбывая из борьбы на ранних этапах. Свой последний комплект медалей динамовцы завоевали в сезо-не-97 под руководством Адамаса Го-лодца. Более того, в том сезоне москвичи реально претендовали и на «золото». За три тура до финиша «Динамо» лишь на одно очко отставало от лидировавших в чемпионате «Спартака» и «Ротора», причем по календарю конкуренты динамовцев должны были встретиться еще в очном матче. В предпоследнем туре «Динамо» играло в Новороссийске с «Черноморцем», спартаковцы принимали «Аланию», а «Ротор» в Москве встречался с командой «Торпедо-Лужники».
Увы, чтобы привезти с Черноморского побережья победных три очка, динамовцам немного не хватило везения, да и мастерства, пожалуй, тоже. На последней минуте первого тайма в сутолоке у ворот хозяев мяч оказался у защитника москвичей Сергея Некрасова, и тот метров с двух протолкнул его в сетку — 1:0. После перерыва новороссийцы, стремясь отыграться, усилили натиск. Динамовцы дрогнули, ушли в оборону. Защитник «Динамо» Точипин в течение двух минут увидел перед собой две желтые карточки (вторая автоматически превратилась в красную) и по распоряжению судьи покинул поле. Оставшись в меньшинстве, динамовцы, забыв про какую бы то ни было контригру, отбивались как могли, но сохранить победный счет не сумели. За пять минут до конца матча полузащитник «Черноморца» Альберт Догузов со штрафного удара точно пробил в «девятку» — 1:1. Спартаковцы одолели «Аланию» (2:1), а «Ротор» сыграл вничью с луж-никовцами (1:1), динамовцы же потеряли шансы даже на «серебро». Крупная победа в заключительном туре над «КамАЗом» в Москве (6:1, четыре гола на счету Максима Ромащенко) ничего уже изменить не могла. С учетом выхода в финал Кубка России тот сезон динамовцы, бесспорно, могут записать себе в актив. Надежно защищал ворота перешедший из ЦСКА Дмитрий Тяпушкин, отбивший три пенальти. Он был признан лучшим вратарем сезона в стране. В нападении выделялся забивший в чемпионате 17 мячей Олег Терехин.
Выше был показатель только у лучшего снайпера первенства Олега Веретенникова из «Ротора» (22). Тот состав еще имел перспективу роста, но коллектив поджидала новая беда. Серьезно заболел и не смог целиком провести с командой предсезонную подготовку Адамас Гоподец. Когда он приступил к работе и пошли календарные матчи, стало очевидно, что игра команды заметно поблекла, футболисты утратили веру в свои силы. Динамовцы теряли много очков. В июне 1998 года команду принял Георгий Ярцев, кроме одного успешного сезона со «Спартаком» (в 1996 году), ни до этого, ни после на клубном уровне ничего существенного так и не добившийся.
С Ярцевым «Динамо» откатилось на девятое место. После относительно неплохих сезонов 1999—2000 годов (правда, по нормам прежних лет их бы посчитали в клубе провальными!), когда динамовцы дважды занимали пятое место, появилась какая-то надежда. Анализируя игру команды в сезоне-2000, когда с динамовцами опять работал вернувшийся в клуб Валерий Газзаев, знаменитый торпедовец Валентин Иванов отмечал: «Будь у «Динамо» более звездный состав, они, вполне допускаю, могли бы уже в этом году конкурировать со «Спартаком». Но известный дефицит классных игроков заметно ограничивал возможности бело-голубых. Впрочем, и пятое место при новой, вселяющей оптимизм игре — неплохое достижение.
Первую часть задачи Валерий Газзаев в этом сезоне решил. Депо теперь за дальнейшим наигрыванием состава, усилением некоторых позиций, огранкой молодых и способных Быстрова, Гогниева, Медведева, Виталия Гришина. Но всем им еще расти и расти!» К сожалению, ожиданиям не суждено было сбыться. Уже в следующем сезоне команду покинул Газзаев, постепенно разошлись по другим клубам отмеченные мэтром футболисты. Команда покатилась вниз.