Эмилио, второй сын Эмилио Бутрагеньо Бенавенте и Пилар Сантос Альварес, появился на свет в Мадриде в роддоме Божьей Матери Росарио. А уже на следующий день дон Эмилио, сам socio «Реала» с немалым стажем, зарегистрировал свежеиспеченного болельщика в «королевском» клубе. Как принято говорить, и в случае с Бутрагеньо это не будет ни малейшим преувеличением, первые уроки футбола преподал ему отец. По выходным они бились в футбол до рассвета — с соседями и своей овчаркой Мэри на позиции центрального защитника.
Но в том, что будущее Эмилио-младшего — в футболе, а не в баскетболе, парня убедил Хосе Антонио Сакристан, ответственный за спорт в Колехио Калансансио, где учился юный Бутрагеньо. Дело в том, что с 10 до 13 лет Эмилио-младший активно играл именно в баскетбол, был лучшим игроком школьной сборной и подавал немалые надежды. А так он будет разрываться между футболом, учебой и работой в родительском магазине, где будущей звезде доверяли подметать пол и обслуживать покупателей.

13 июля 1980 года детский турнир на призы газеты As выиграла команда школы Каласансио, и восемь мячей в финале забил паренек по имени Эмилио. По версии Бутрагеньо-старшего, именно тогда определилась судьба сына. Рапорт скаута «Реала» Хуана Хеа гласил: «Надо созвониться с родителями парня. Объект отлично работает обеими ногами, хотя правая посильнее будет. Великолепно видит поле, на позиции центрфорварда неподражаем».
На самом деле первыми на раздаче были ребята из «Атлетико» (а именно — тренеры Уфарте и Родри). Они посулили парню золотые горы и футболку первой команды. Однако семейство Бутрагеньо прислушалось к советам знающих людей и приставания «кольчоне-рос» проигнорировало. Таким образом, 12 августа 1981 года Эмилио подписал любительский контракт с «королевским» клубом и три дня спустя дебютировал в белой форме против какого-то «Сан-Лоренсо де Эскориаль». Бутрагеньо не забил ни одного мяча, но его игра привела всех собравшихся, в том числе и Луиса Моловни, в совершеннейший восторг. Именно этот матч Бутрагеньо до сих пор весело называет лучшим в своей жизни!
Рос, крепнул и развивался Бутрагеньо в «Кастилье» под чутким руководством легендарного Амансио. А другая легенда — ставший главным тренером Ди Стефано — не спускала с Эмилио глаз. И 5 февраля 1984 года выпустила его на второй тайм гостевого матча с «Кадисом». Бутрагеньо триумфально отметился дублем на 60-й и 89-й минутах, а в промежутке между этими голами отличился Хуанито Гальего, превратив катастрофические 0:2 в победные 3:2!
В сезоне-1984/85 «Реал» в первый раз берет Кубок УЕФА. В 12 матчах, проведенных «сливочными» в розыгрыше, Бутрагеньо забивает четырежды; в сезоне-1985/86 — в 12 матчах 2 мяча. Это при том, что разыгравшийся «Реал» в буквальном смысле рвет всех соперников в клочья и результаты типа 6:1, 5:0, 5:1, 4:0 — не редкость. Тогда же, в 1985-м и 1986-м, Бутрагеньо вручается Трофео Браво как лучшему европейскому футболисту в возрастной категории до 23 лет.