Доиграв в «Реале» до 1995 года и проведя 15 июня прощальный товарищеский матч с «Ромой» (4:0 и всеобщие слезы по поводу преждевременного ухода), Эмилио подался зарабатывать денежку в Мексику. В первом же чемпионате с ним «Атлетико» из Селайи, новобранец высшего дивизиона, достиг финала чемпионата страны, где в упорной борьбе уступил «Некаксе» — 0:0, 0:1.
Эмилио играл за «быков» неполных три года, а вместе с ним заканчивали Мичел, Мартин Васкес и Уго Санчес. Видимо, Эль Буитре, носивший капитанскую повязку «Атлетико», убедил руководство раскошелиться на трио ветеранов. Однако стоило этому легиону прибыть на место, как успехи клуба приказали долго жить... По истечении оного срока, оставив по себе очень неплохую память, он вернулся в Испанию. А еще через три года прибыл в родной клуб и занялся административной работой рядом с бывшим партнером Хорхе Вальдано. 15 января 2001 года Эль Буитре вступил в должность директора «хенераль адхунто» и выразил по этому поводу немалое удовольствие, не забыв намекнуть, что уходил он в 95-м не так уж и по-хорошему. По сути дела, заслуженного ветерана досрочно отправили на почетную пенсию, освобождая место для новых кумиров, прежде всего для белого ангела по имени Рауль...
Взаимоотношения Буитре и руководства клуба — тема отдельного исследования. Рискнем предположить, что тот его уход из «Реала» вызван не только и не столько игровыми проблемами, сколько сменой власти — Мендоса проиграл выборы Лоренсо Сансу. При доне Рамоне «Кинта дель Буитре» творила в «Реале» что хотела — например, снимала и назначала тренеров. Отставка Джона Тошака (первая, разумеется) — их рук, точнее, языков, дело, потому что валлиец не сумел подружиться с «властью раздевалки»...
В мае 2004 года Хорхе Вальдано покинул пост спортивного директора «Реала», а в начале октября Бутрагеньо занял пустовавшее кресло. Опыт подобной работы у него имелся еще со времен карьеры игрока, когда он одно время был вице-президентом Ассоциации испанских футболистов. Ну а затем он стал и вице-президентом «Реала», то есть фактически вторым человеком в клубе! Правда, порулить ему выпало совсем недолго: летом 2006 года президент-временщик Фернандо Мартин, руководивший «Реалом» во время переходного периода, посчитал, что административный штат клуба непомерно раздут, и принял решение уволить Бутрагеньо на пару со спортивным директором Бенито Флоро.