В 1938 году произошли структурные изменения в проведении чемпионата СССР. Всесоюзный комитет по делам физкультуры и спорта своим не требующим возражения решением расширил высший дивизион до 26 команд. Матчи было решено проводить в один круг.
«Локомотив» неожиданно позволил себе растерять очки в матчах с аутсайдерами. А вот против лидеров, наоборот, сыграл уверенно, потрепав нервы будущему чемпиону — «Спартаку» (0:0) и обыграв вице-чемпиона — ЦДКА (1:0).
Увы, но свой четвертый чемпионат железнодорожники завершили лишь восьмыми, что стало худшим результатом команды в предвоенные годы.
Неудача постигла коллектив и в розыгрыше Кубка СССР 1938 года. Проигрыш на ранней стадии, в 1/32 финала, киевскому «Динамо» (0:2) прервал на самой первой стадии попытку «Локомотива» повторить свой главный успех.
В 1939 году «Локомотив», учтя ошибки предыдущего сезона, сделал упор на укрепление линии нападения. В команду пришли Виктор Лахонин (из минского «Динамо»), Михаил Киреев (ЦДКА), Василий Карцев («Красное знамя» Егорь-евск). В первый же сезон эти новички на троих забили 19 мячей. Причем Лахонин — быстрый, неутомимый, обладающий прекрасным ударом с лета нападающий — уже в дебютном сезоне стал лучшим бомбардиром команды. А Киреев и Карцев повторили это достижение товарища на следующий год.
Добавим, что Михаил Сушков затеял в команде не только смену поколений, но и пересмотрел игровые ориентиры железнодорожников. Из демонстрировавшего преимущественно силовой и атлетичный футбол «Локомотива» наставник сумел создать команду, взявшую на вооружение зрелищный комбинационный стиль.
В Кубке СССР 1939 года «Локомотив» споткнулся в 1/8 финала на московском «Спартаке» (0:1). А розыгрыш 1940 года не состоялся.
Седьмое первенство страны 1941 года из-за Великой Отечественной войны было прервано. А «Локомотив», кстати, даже не принимал участия в этом чемпионате. Влиятельное руководство профсоюзов затеяло эксперимент, создав из многочисленных профсоюзных спортобществ две сборные, получившие незамысловатые названия «Профсоюзы-1» и «Проф- союзы-2». Составленные из индивидуально сильных футболистов, образовавшиеся команды тем не менее не смогли соперничать с сильнейшими клубами страны. Возможно, им не хватало сплоченности и настоящего коллективного духа, которыми как раз славились железнодорожники.
К слову, игроков «Локомотива» рассредоточили по двум командам. Михаил Сушков, ставший одним из тренеров в считавшейся главнее сборной «Профсоюзы-1», призвал следующих знакомых ему футболистов — Николая Ильина, Михаила Степанова, Сергея Лысова, Виктора Лахонина и Сергея Белякова. В «Профсоюзы-2» взяли Николая Разумовского, Владимира Мошкаркина, Петра Теренкова и Михаила Киреева.
Оставшиеся не у дел игроки «Локомотива» были вынуждены либо играть в городских соревнованиях, либо перейти в другие клубы. По этой причине лучший бомбардир довоенного периода команды Виктор Лавров уехал в сталинобадское (душанбинское) «Динамо».
Эксперимент профсоюзных работников с треском провалился. «Профсоюзы- 1» к моменту прекращения чемпионата замыкали турнирную таблицу. «Профсоюзы-2» выглядели чуть лучше, но поставленной задачи также не выполнили. Что и кому хотели доказать профсоюзы, осталось загадкой...
Но, не случись этого разделения, кто знает, как сложилась бы судьба железнодорожного коллектива.